- Lipiec 2009 r. rozpoczęły się prace renowacyjne przy zabytkowej kaplicy. Przy bliższym zapoznaniu się z wnętrzem kaplicy, znawcy określili, że jest to jeden z najpiękniejszych obiektów sakralnej sztuki barokowej w Krakowie.Wymieniono pokrycie kopuły (deskowanie, ocieplenie, izolacja, blacha miedziana, rynny i rury spustowe) oraz odrestaurowano latarnię.
- Rok 2010 – zabezpieczony został zewnętrzny zabytkowy, gotycki mur, systemem mikropalowania. Wycięto część drzew zagrażających bezpieczeństwu przechodniów oraz niszczących zabytkową substancję
- Rok 2011 – mur został otynkowany i przykryty dachówką. Zburzona została przybudówka kaplicy, sama zaś kaplica otynkowana i pomalowana. Zrealizowano izolację pionową kaplicy, odprowadzenie wody opadowej, remont konserwatorski elewacji kaplicy, doprowadzenie złącza elektrycznego oraz konserwację reliktów kamiennych nagrobków.
- Rok 2012 – W październiku zakończył się pierwszy etap prac konserwatorskich dekoracji w kopule przy Kaplicy św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty.To efekt półrocznej pracy konserwatorskiej. Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa przyznał na ten cel kwotę 200 tys. zł. Udział Parafii na tym etapie to 37 tys. zł. Mamy nadzieję że dzięki pomocy Komitetu w przyszłym roku zakończymy konserwację wnętrza kaplicy.
- Rok 2013 – Dobiegł końca tegoroczny zakres prac przy kaplicy św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty obejmujący kontynuację konserwacji dekoracji i wyposażenia wraz z wymianą instalacji elektrycznej. Parafia otrzymała dotację z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa w wysokości 200 tys. zł. co stanowi 76% zadania. Udział własny parafii to 64 tys. zł.
- Rok 2014 – Kontynuowano prace remontowo-konserwatorskie przy kaplicy św. Jana Chrzciciela i Ewangelisty obejmujące: konserwację dekoracji i wyposażenia, wykonanie instalacji zewnętrznych i odwodnienia oraz położenia nawierzchni wokół kaplicy – kamienna kostka z dolomitu. Parafia otrzymała dotację z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa w wysokości blisko 250 tys. zł. co stanowi 70% zadania. Udział własny parafii to 110 tys. zł. Dodatkowo wykonana została ambona. Obłożone zostały kamieniem schody od strony ul. Dobrego Pasterza i zamówione zostały do nich nowe poręcze.
- Rok 2015 – Założone zostały poręcze przy schodach od strony ul. Dobrego Pasterza, wykonana została zewnętrzna (I-etap) iluminacja kaplicy, wykonane zostały ławki.
W dzień odpustu, 24 czerwca, jedna z Mszy św została odprawiona została w kaplicy św. Janów. Również na zakończeniem odpustowego dnia, była procesja eucharystyczna do kaplicy. Było to nawiązanie, do istniejącej przed wieloma laty procesji Bractwa Różańcowego w dzień św. Jana Chrzciciela, gdy jeszcze kaplica należała do zakonu oo. Dominikanów z ul. Stolarskiej na Prądnik Czerwony.